Očkování proti pneumokokům u dětí a u dospělých jsou hrazena podle zákona o veřejném zdravotním pojištění v odlišném režimu. Zákon také přesně stanoví věkové limity nároku na úhradu tohoto očkování z veřejného zdravotního pojištění.

To, která vakcína je ekonomicky nejméně náročnou variantou, vychází z rozdílu aktuálních cen jednotlivých vakcín a výše jejich úhrad pojišťovnou, což určuje Státní ústav pro kontrolu léčiv. Můžeme však konstatovat, že vakcína Synflorix je přímo určena k aktivní imunizaci proti invazivním onemocněním, pneumonii a akutní otitis media způsobeným Streptococcus pneumoniae u kojenců a dětí ve věku od 6 týdnů až do 5 let.

Další skupinou, která má nárok na úhradu nepovinného očkování proti pneumokokovým infekcím, jsou pojištěnci nad 65 let(viz § 30 odst. 2 písm. f zákona č. 48/1997 Sb.). Hrazenou očkovací látku zde ale schvaluje ministerstvo zdravotnictví na základě doporučení Národní imunizační komise. V současné době je pro toto očkování seniorů dostupná pouze vakcína Prevenar 13, která je tak v uvedené věkové kategorii ekonomicky nejméně náročnou variantou a z toho důvodu je plně hrazena včetně aplikace. Dřív byla pro seniory ekonomicky nejméně náročnou variantou vakcína Pneumo 23, u té ale byla celosvětově ukončena výroba a již není dostupná.

Novinkou v zákoně o veřejném zdravotním pojištění (viz § 30 odst. 2 písm. b bod 7) je od začátku roku 2018 možnost očkování mj. proti pneumokokovým infekcímu rizikových skupin pojištěnců bez ohledu na věk. Jedná se o pacienty s porušenou nebo zaniklou funkcí sleziny, po transplantaci kmenových hemopoetických buněk, se závažnými imunodeficity, které vyžadují dispenzarizaci na specializovaném pracovišti apod. Z veřejného zdravotního pojištění je jim rovněž hrazeno očkování vakcínou v provedení ekonomicky nejméně náročném, což je v současné době u dospělých vakcína Prevenar 13, u dětí do 5 let vakcína Synflorix. A opět platí, že pokud si klient vybere vakcínu jinou než ekonomicky nejméně náročnou, musí si uhradit rozdíl v ceně vakcín.