Nejčastěji se na bolesti v pohlavním údu podílejí problémy urologické a kožní, v méně častých případech to jsou i neurologické či psychické problémy. Uvedu stručný přehled těch nejčastějších. Velmi častou přičinou bývá krátká uzdička, frenulum breve. Uzdička se nachází na spodní straně pohlavního údu, spojuje žalud a předkožku. Je velmi citlivá na veškeré podněty. Pokud je krátká, napíná se při styku a není vzácnou příhodou, že může i prasknout. Důsledkem bývá krvácení, které muže i jeho partnerku překvapí a vystraší. Po zhojení jizvičkou se však potíže mohou znovu objevit. Proto je nejlepší vyhledat chirurgické či urologické pracoviště a podstoupit jednoduchý výkon - frenuloplastiku. Výkon lékař může provést za místního znecitlivění a v určených případech i ambulantně. Dalším urologickým důvodem pro bolest je fimóza- zúžená předkožka. Může být vrozená nebo získaná po opakovaných kožních zánětech, nejčastěji u diabetiků. Pokud zúžená předkožka představuje problém při pohlavním styku, je vhodné podstoupit operační zákrok - tzv. obřízku. Nemoc, která způsobuje zakřivení pohlavního údu a bolest při styku se nazývá Peyronieho choroba. V obalu topořivých těles se tvoří tuhá ložiska. Léčba patří do rukou urologa. V prvních fázích je konzervativní pomocí léků, ultrazvuku, obstřiků... Další možností je operační řešení.
Bolest penisu v oblasti vrcholu žaludu může být při zánětu prostaty, léčba patří do rukou urologa.
Kožní záněty žaludu a někdy i předkožky jsou viditelné a projeví se vznikem zarudlých skvrnek, pupínků, puchýřků, někdy prasklin, případně bilých povláčků. Tyto záněty žaludu a předkožkového nazýváme balanitidou či balanopostitidou. Přičiny jsou různé-alergie, ekzémy, záněty bakteriální, plísňové či smíšené. Na pohlavním údu se může objevit i opar (herpes), bolestivý a často recidivující. Drobné výrůstky nazýváme kondylomata - fíčky. Jejich původ je virová infekce. Nebezpečí představují pro partnerku postiženého muže, protože v některých případech mohou vést ke vzinku nádoru děložního čípku a hrdla.I z těchto důvodů je jejich léčba důležitá.Léčbu provádí kožní lékař, dermatovenerolog. Platí pravidlo, že u zánětlivého postižení pohlavních orgánů je třeba léčit současně oba (či všechny) sexuální partnery, jedině v tom případě je šance na úspěšné vyléčení.